Pada tahun 2006, Isa Rachmatarwata menjabat sebagai Kepala Biro Perasuransian di Badan Pengawas Pasar Modal dan Lembaga Keuangan (BAPEPAM LK), yang kemudian bergabung menjadi Otoritas Jasa Keuangan (OJK).

Di tahun 2013, Isa Rachmatarwata menjadi pegawai diperbantukan di Badan Kebijakan Fiskal.

Isa Rachmatarwata kemudian dilantik sebagai Staf Ahli Menteri Keuangan bidang Kebijakan dan Regulasi Jasa Keuangan dan Pasar Modal pada November 2013.

Pada 3 Juli 2017, Isa Rachmatarwata diangkat menjadi Direktur Jenderal Kekayaan Negara, bertugas dalam perumusan dan pelaksanaan kebijakan terkait barang milik negara.

Kemudian, pada 12 Maret 2021, Isa Rachmatarwata dipercaya menjabat sebagai Direktur Jenderal Anggaran, di mana tugasnya adalah melaksanakan kebijakan penganggaran sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Sepanjang karirnya, Isa Rachmatarwata menerima penghargaan Satyalancana Karya Satya XXX Tahun dari Presiden Republik Indonesia atas dedikasinya dalam pengabdian kepada negara.

Dengan pengalaman dan rekam jejak yang panjang dalam pengelolaan keuangan negara, Isa Rachmatarwata kini menghadapi tantangan besar di tengah sorotan publik terkait kasus yang melibatkan mantan bupati tersebut. (apr)